Comprendre la digestion
Afin de comprendre comment la nourriture peut avoir un impact sur le microbiote, il faut d’abord s’intéresser au fonctionnement de l’intestin et l’absorption des aliments au sein de celui-ci.

Au sein notre petit intestin, sur la paroi de celui-ci, il y a des villosités, en forme de « cloche ». Ces cloches sont tapissées de cellules, qu’on appelle des entérocytes. Ces cellules sont responsable de l’absorption des aliments et de la transmission des nutriments dans le sang.
Ces cellules, entourées de microbes bénéfiques, sont capables d’effectuer leur rôle au sein de la digestion. Néanmoins, lorsque ces microbes bénéfiques ne sont pas présents, ou en sous-nombre, et que parallèlement nous avons plus de microbes pathogènes présents ( ce qu’on appelle une dysbiose), les entérocytes changent de forme et deviennent alors incapable d’assurer leur part du travail au sein de la digestion.
Ces cellules n’ont qu’une vie de quelques jours, et lorsqu’elles meurent, elles sont remplacées par des nouvelles cellules qui viennent de naitre (Régénération cellulaire). Notre corps donc renouvelle notre paroi intestinale tout le temps, ce qui permet d’ailleurs de la guérir et d’améliorer notre digestion.
Donc notre digestion dépends énormément de l’état de notre flore intestinale, car celle-ci nourrit les cellules entérocytes. Les microbes présents dans notre flore intestinale produisent également un tas d’enzymes, acides, et un tas d’autres substances qui supportent la décomposition des protéines, glucides et graisses.
Glucides
- Les monosaccharides (≈ chaine à 1 sucre) : il s’agit des sucres les plus simples tels que le glucose, le fructose le galactose. Ceux-ci sont rapidement assimilé par notre corps car ils n’exigent aucun travail de la part des entérocytes. Ces sucres traversent directement la membrane cellulaire des entérocytes, où les transporteurs au sein des entérocytes les attentent et sont spécifiquement conçu pour transporter cette forme de molécule.
- Pour le glucose et fructose, ceux-ci se retrouvent dans les fruits, légumes et miel.
- Le galactose sous sa forme libre (lactose = galactose + glucide) se retrouve principalement dans les produits laitiers fermentés (yaourt, kefir, fromage frais fermentés, et fromages (camembert, brie, roquefort, Gorgonzola…))
- Les disaccharides (≈ chaînes de 2 sucres) : Ce sont des sucres composés de deux molécules de monosaccharides, comme le saccharose (sucre de table) , le lactose (sucre du lait) et le maltose (sucre resultant de la dégradation de l’amidon). Ces disaccharides ne peuvent pas traverser les entérocytes sous leur forme intacte, car ces grosses molécules ne passent pas la membrane cellulaire : les transporteurs des entérocytes ne reconnaissent et n’absorbent que les monosaccharides.
Les entérocytes, lorsqu’ils sont en bonne santé, produisent des enzymes appelées disaccharidases au niveau de leur bordure en brosse (les microvillosités, parfois appelées « poils »), qui décomposent ces sucres complexes en sucres simples.
Mais lorsque les entérocytes sont endommagés ou en mauvaise santé, ils deviennent incapables de produire suffisamment de ces enzymes et de décomposer les disaccharides. Ces sucres non digérés restent alors dans l’intestin, où ils servent de nourriture à certaines bactéries et levures opportunistes de la flore intestinale, comme Candida albicans, favorisant leur prolifération.
Proteines
Après leur digestion dans l’estomac et le duodénum, les protéines arrivent aux entérocytes sous forme de peptides. Les peptides sont de petites chaînes d’acides aminés, qui ne peuvent être absorbées qu’une fois décomposées en acides aminés simples, grâce aux enzymes appelées peptidases présentes à la surface des entérocytes, dans leur bordure en brosse (souvent comparée à des “poils”). Si les entérocytes sont malades, ils sont incapable de produire assez d’enzyme pour décomposer les chaine d’acide aminés. En parallèle, la flore intestinale pathogène endommage la paroi intestinale, ce qui permet à des acides aminés non-décomposés de traverser celle-ci. Il y a 2 principales protéine qu’on étudie plus en profondeur : le gluten et la caséine. Ces protéines sont parmi celles qui sont pour les être humains, le plus difficile à être digérés. Ces protéines non digérés peuvent générer un tas de symptômes tels que l’arthrose, psoriasis, de la dépression, allergies, maladie céliaque, ….
En parallèle, manger des protéines est essentiel pour nous, et les meilleurs sources sont les œufs, les viandes, le poisson, et les produits laitiers fermentés. Leur cuisson a un impact sur leur digestibilité: bouillis, mijotés et pochés est beaucoup plus digeste que frits, rôtis ou grillés.
Graisses
Pour les graisses soient digérés, la bile est nécessaire. Les entérocytes n’ont pas grand chose à avoir avec leur digestion, et cela explique qu’en générale, les graisses animales sont particulièrement bien digérés par l’être humain. Si la paroi intestinale néanmoins est trop souvent attaquée par des agents pathogènes, celle-ci produira en excès du « mucus » pour se protéger. Le mucus rend l’accès aux graisses plus compliqué, et en conséquent cela un impact sur l’absorption des vitamines A, D, E et K qui sont liposolubles sera comprise.